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Die honduranische Geschichte lässt sich grob in folgende Epochen einteilen:

   - vorspanische Zeit (auch: Geschichte der Maya)
   - Eroberung und Kolonialherrschaft durch die Spanier
   - Unabhängigkeit und Entstehung von Staat und Nation
   - Diktatur und Demokratie im modernen Staatswesen.

Eine auch für die Gegenwart entscheidende Besonderheit ist die enge Verwobenheit der honduranischen Geschichte mit der Geschichte Zentralamerikas als Region. Nach der Unabhängigkeit von Spanien (und bis heute) spielte außerdem das Verhältnis zum „großen Bruder“, den USA, eine elementare Rolle.

Der heutige Staat Honduras entstand aus der Provinz Honduras, die Teil des spanischen Generalkapitanats Guatemala (von Chiapas im heutigen Mexiko bis Costa Rica) war. Das Generalkapitanat erklärte 1821 seine Unabhänigkeit und nach vielen Separations- und Wiedervereinigungsversuchen, die noch bis ins frühe 20. Jahrhundert anhielten, bildeten sich sich letztlich die heutigen Staaten Zentralamerikas.

Die repräsentative Demokratie wurde in ihrer heutigen Form im Jahre 1982 eingeführt, nach dem sich in den vorausgehenden Jahrzehnten (Militär-)Diktaturen und (formal-)demokratische Regierungsformen abgewechselt hatten.

Sowohl die die wirtschaftliche, als auch die politische Kultur sind traditionell stark von Korruption beeinflusst, was sowohl internationale (7 MB) als auch nationale Beobachter immer wieder belegen. Auf dem Gebiet der Korruptionsbekämpfung hat Honduras in den letzten Jahren wenig Fortschritte erzielt. Im Korruptions-Wahrnehmungs-Index von Transparency International (2007) kommt Honduras gerade einmal auf Platz 131 von 179 Ländern weltweit, was auch im lateinamerikanischen Vergleich einer der letzten Plätze ist.

Seit seinem Amtsantritt am 27.1.2006 ist „Mel Zelaya“ (eigentlich: Manuel Zelaya Rosales) Präsident von Honduras. Zelaya gehört dem Partido Liberal (PL) an. Bei den Wahlen vom 27. November 2005 siegte Zelaya mit 49,9% der Stimmen über seine vier Gegenkandidaten. Zweitplatzierter wurde „Pepe Lobo“ (eigentlich: Porfirio Lobo Sosa) von der damaligen Regierungspartei Partido Nacional (PN). Er kam auf 46,2%. Zelayas Amtsvorgänger, Ricardo Maduro Joest (PN), konnte nicht kandidieren, weil die honduranische Verfassung die direkte Wiederwahl des Präsidenten verbietet.

Im Parlament (Congreso Nacional de Honduras ) stellt Zelayas Partei mit 62 (von insgesamt 128) Sitzen zwar die größte Fraktion, verfügt aber nicht über die absolute Mehrheit, so dass die Regierung bei der Gesetzgebung auf die Zusammenarbeit mit Abgeordneten anderer Parteien angewiesen ist.

Neben der Wirtschafts- und Sozialpolitik ist schon seit einigen Jahren die Politik der Inneren Sicherheit das wichtigste innenpolitische Thema in Honduras. Zelaya führt dabei weitgehend die Politik seines Vorgängers Maduro fort. Dieser hatte kurz nach seinem Amtsantritt (2002) die Armee in die Kriminalitätsbekämpfung (v.a. in den Kampf gegen Jugendbanden) einbezogen, unter anderem durch gemeinsame Patrouillen von Polizei und Militär in den Straßen größerer Städte. Auch die Gesetzeslage ist mehrfach verschärft worden.

Außenpolitisch war das wichtigste Ereignis in der bisherigen Amtszeit Zelayas das offizielle und hoffentlich endgültige Ende des jahrzehntealten Grenzkonflikts mit El Salvador, in dessen Verlauf es zum sog. Fußballkrieg von 1969 und zur Anrufung des Internationalen Gerichtshofs in Den Haag gekommen war. Am 18. April 2006 wurde der Prozess der Grenzziehung zwischen beiden Ländern abgeschlossen. Kurz darauf konnte Honduras einen Streit mit Nikaragua um eine Fläche im karibischen Meer beigelegt, nachdem hierzu der Internationalen Gerichtshof in Den Haag ein Urteil gesprochen hat. Insgesamt hat sich Honduras unter Zelaya wieder näher an seine zentralamerikanischen Nachbarn angenähert, v.a. indem der Präsident die politische Integration der Region mehr unterstützt als sein Vorgänger Ricardo Maduro. So trat Honduras dem Zentralamerikanischen Gerichtshof ( Corte Centroamericana de Justicia , CCJ) wieder bei, und Maduros Entscheidung, aus dem Zentralamerikansichen Parlament (PARLACEN ) auszutreten, wurde von Zelaya revidiert.

Gegenüber den USA hat die Regierung Zelaya bislang eine ambivalente Politik umgesetzt. Sehr zum Missfallen der USA hat Honduras beschlossen, im Rahmen der Petrocaribe-Initiative Erdöl zu Vorzugskonditionen von Venezuela zu beziehen. Andererseits bot Zelaya der US-Regierung an, sie könne zusätzlich zur ihrer Militärbasis Palmerola bei Comoyagua noch eine weitere Basis bauen; diesmal im Dschungel der Mosquitia, um dort den internationalen Drogenhandel besser bekämpfen zu können.

Was die Menschenrechte betrifft, stellt Honduras den kuriosen Fall dar, dass die Zeit der schlimmsten politischen Verfolgungen gleichzeitig mit der formalen Demokratisierung einsetzte. In den 1980er Jahren ermöglichte die große Autonomie und Machtfülle der Streitkräfte , die von den USA als Bollwerk gegen den Sandinismus in Nikaragua gefördert und beeinflusst wurden, dem Militär u.a. zahlreiche Oppositionelle „verschwinden zu lassen“.

Nach dem Ende des Kalten Krieges konnte mittlerweile die Unterordnung des Militärs unter die zivile Regierung bewerkstelligt werden. Eine systematische rechtliche oder politische Aufarbeitung der Menschenrechtsverletzungen der 1980er Jahre hat jedoch nie stattgefunden, und so kämpfen noch heute Menschenrechtsorganisationen wie COFADEH (Comité de Familiares de Detenidos-Desaparecidos en Honduras )oder CODEH (Comité para la Defensa de los Derechos Humanos en Honduras ) für die Rechte der damaligen Opfer bzw. für deren Familien.

Heutzutage ist die Menschenrechtslage keineswegs besser als damals, nur dass sich die Verfolgung nicht mehr hauptsächlich gegen politisch Andersdenkende richtet und nicht mehr (allein) von staatlichen Organen ausgeht. Seit einigen Jahren richtet sich die Gewalt gegen Straßenkinder und v.a. gegen Jugendliche, die dem Anschein nach Mitglied in einer Jugendbande sind. Auch wenn es bislang keine handfesten Beweise dafür gibt, gehen vermutlich Hunderte von Morden auf das Konto von Todesschwadronen, die im Sinne einer „sozialen Säuberung“ junge, tätowierte Männer aus Armenvierteln durch Kopfschuss liquidieren. Die Fahndung nach der Identität und den Hintermännern der Mörder – vermutlich sichern Geschäftsleute die Finanzierung der Killer-Kommandos – war bislang erfolglos; möglicherweise, weil die staatlichen Sicherheitskräfte selbst in die „extra-legalen Hinrichtungen“ verwickelt sind, wie auch Amnesty International und die UN-Berichterstatterin Asma Jahangir vermuten. Ein weiteres schwerwiegendes Menschenrechtsproblem in Honduras ist Kinderarbeit.

Die Presse- und Informationsfreiheit ist in Honduras zwar nicht durch staatliche Eingriffe, wohl aber durch die oligopolartige Besitzstruktur der Medienorgane erheblich eingeschränkt. Die Besitzer der landesweiten Tageszeitungen, Radio- und Fernsehsender sind entweder selbst Politiker (Ex-Präsident Carlos Flores besitzt u.a. die Tageszeitung La Tribuna ) oder in ihren Interessen mit diesen eng verwoben (weitere Tageszeitungen mit landesweiter Verbreitung sind El Heraldo , La Prensa  und El Tiempo ). Journalisten werden durch Korruption oder Repressalien (z.B. Entlassung) gefügig gemacht. Eine Gruppe kritischer und unabhängiger Journalisten setzt sich unter dem Namen C-Libre auf politischer und gesellschaftlicher Ebene für mehr Presse- und Informationsfreiheit ein. Die englischsprachige Wochenzeitung
Honduras This Week bietet oft interessante Informationen und Einschätzungen.